一、内设机构
(一)综合办公室
(二)人事教育科
(三)纪检监察室
(四)政策法规科
(五)科技信息科
(六)宣传科
(七)财务审计科
(八)装备科
(九)路政管理科
(十)超限超载治理科
(十一) 客运出租科
(十二)货运物流科
(十三)接诉即办科
二、下设分支机构
17个旗区大队:东胜区第一大队、东胜区第二大队、东胜区第三大队、达拉特旗大队、准格尔旗第一大队、准格尔旗第二大队、伊金霍洛旗大队、乌审旗大队、杭锦旗大队、鄂托克旗大队、鄂托克前旗大队、康巴什区大队、督查大队、交通建设工程质量监察大队、安全生产监察大队、水上交通监察大队、邮政快递业监管执法大队。