一、内设机构

　　（一）综合办公室

　　（二）人事教育科

　　（三）纪检监察室

　　（四）政策法规科

　　（五）科技信息科

　　（六）宣传科

　　（七）财务审计科

　　（八）装备科

　　（九）路政管理科

　　（十）超限超载治理科

　　 (十一)客运出租科

　　（十二）货运物流科

　　（十三）接诉即办科

　　二、下设分支机构

　　17个旗区大队：东胜区第一大队、东胜区第二大队、东胜区第三大队、达拉特旗大队、准格尔旗第一大队、准格尔旗第二大队、伊金霍洛旗大队、乌审旗大队、杭锦旗大队、鄂托克旗大队、鄂托克前旗大队、康巴什区大队、督查大队、交通建设工程质量监察大队、安全生产监察大队、水上交通监察大队、邮政快递业监管执法大队。